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Diese Darmkeime vermehren sich bei erhöhtem Fructan-Angebot übermäßig auf Kosten anderer Bakterienstämme, die massenhaft absterben und Toxine freisetzen. Es sind Endotoxine, die über den Blutkreislauf die Huflederhaut erreichen und damit die Hufrehe auslösen.
 Auch die Aufnahme zu großer Mengen (toxischer Mengen) an stärke- oder zuckerreichen Futtermitteln (Getreide, vor allem Gerste; Melasse) verändert die Bakterienflora im Darm. Es kommt zu einer Zunahme milchsäureproduzierender Bakterien. Die damit einhergehende Ansäuerung (sinkender pH-Wert), schädigt die Zellwände gram-negativer Keime (Bakteriolyse), was wiederum zur Freisetzung von
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Endotoxinen führt.
Diese Giftstoffe treten nun durch die geschädigte Darmschleimhaut oder auf anderem Weg (wissenschaftlich noch nicht ganz geklärt) in das Blutgefäßsystem über und beeinflussen direkt oder in umgewandelter Form die Blutgefäße im Hufbereich.
Eine weitere Form der Hufrehe ist die sogenannte Belastungsrehe. Sie entsteht aufgrund starker Erschütterungen (z.B. schnelle Gangarten wie Trab und Galopp) bei langen, auf hartem Untergrund zurückgelegten Strecken, ist also rein mechanisch bedingt. Auch längere, verletzungsbedingte Belastungen eines Beines können eine Belastungsrehe (Stallrehe) der Nachbarextremität auslösen.
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Ursache können ferner eine falsch durchgeführte Hufkorrektur (zu tiefes Ausschneiden) oder ein ungeeigneter Beschlag sein. Besonders heimtückisch verläuft eine Hufrehe nach oder während einer scheinbar "normalen" Huflederhautentzündung, die an einem unbeschlagenen Hinterhuf beginnt und sich durch Fehlbelastung der anderen Beine an allen vier Hufen entwickeln kann.
 Weitere reheauslösende Faktoren sind Krankheitsprozesse wie Virusinfektionen des Atmungs- und Darmtraktes und Erkrankungen der Schilddrüse. Die Geburtsrehe bei Stuten kurz nach dem Abfohlen zeigt sich dann, wenn der Abgang der Nachgeburt gestört ist oder es aus anderen Gründen zu
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